De Afdeling oordeelt in de uitspraak van 28 februari 2024 (ECLI:NL:RVS:2024:853) dat GS bij het verlenen van een op de Wnb gebaseerde natuurvergunning niet verplicht zijn om ambtshalve onderzoek te verrichten naar de vraag of een eerder verleende milieuvergunning eventueel is komen te vervallen (als bedoeld in art. 8.18 Wet milieubeheer, “Wm”) als concrete aanwijzingen daarvoor ontbreken.
Het is daarom primair aan appellanten om feiten en omstandigheden aan te voeren die een begin van bewijs opleveren voor de juistheid van de stelling dat de milieuvergunning voor de veehouderij gedeeltelijk is vervallen. Als zo’n begin van bewijs is geleverd, dan komt de bewijslast van het tegendeel bij GS te liggen (vgl. de Afdelingsuitspraak van 16 maart 2018, (ECLI:NL:RVS:2018:901).
De Afdeling overweegt dat uit vaste Afdelingsrechtspraak volgt dat voor het antwoord op de vraag of de wijziging of uitbreiding van een bestaand project significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied, een vergelijking wordt gemaakt van de gevolgen van het bestaande project in de referentiesituatie en de gevolgen van het project na wijziging of uitbreiding.
De referentiesituatie wordt bij het ontbreken van een natuurvergunning in beginsel ontleend aan de milieutoestemming die gold op de referentiedatum. Een referentiesituatie kan niet worden ontleend aan een natuurvergunning of milieutoestemming die is vervallen of geëxpireerd.
De Afdeling stelt vast dat op grond van het destijds geldende art. 8.18 Wm een milieuvergunning van rechtswege verviel, als de inrichting niet binnen drie jaar nadat de vergunning onherroepelijk is geworden, was voltooid en in werking gebracht. Appellanten hebben in dit geval aan de hand van luchtfoto’s een begin van bewijs geleverd voor de juistheid van de stelling dat de vergunde inrichting pas (ruim) na de driejarentermijn is gerealiseerd en dat de milieuvergunning dus is vervallen.
GS hebben vervolgens onvoldoende aannemelijk hebben gemaakt dat de inrichting binnen de driejarenperiode is voltooid en in werking gebracht. Nu evenmin uit de milieuvergunning kan worden afgeleid dat het aantal vergunde dieren binnen de reeds aanwezige stalruimte kon worden gehouden, concludeert de Afdeling dat GS onvoldoende hebben gemotiveerd dat bij de beoordeling van de referentiesituatie mocht worden uitgegaan van de bedrijfssituatie, zoals die was vergund met de milieuvergunning.
