Aan Zuiderzee B.V. (hierna: ‘Zuiderzee’) is op 16 juni 2008 op grond van de Wet milieubeheer een vergunning verleend voor de varkenshouderij (hierna: ‘de milieuvergunning’). Vervolgens heeft Zuiderzee op 16 augustus 2016 een vergunning voor de wijziging van deze varkenshouderij (hierna: ‘de natuurvergunning’) aangevraagd. De grondslag van een dergelijke vergunning ligt in artikel 2.7 Wet natuurbescherming (hierna: ‘Wnb’).
Het college van gedeputeerde staten van Flevoland (hierna: ‘het college’) heeft de aanvraag afgewezen omdat de stikstofdepositie ten opzichte van de referentiesituatie niet toeneemt. Hiervoor vergeleek het college de situatie ten tijde van de milieuvergunning (de referentiesituatie), met de situatie na de wijziging van de varkenshouderij. Een dergelijke afwijzing wordt een positieve weigering genoemd, omdat in deze situatie een vergunning niet nodig is. Een natuurvergunning is namelijk alleen nodig indien een project significante gevolgen kan hebben voor een Natura 2000-gebied (artikel 2.7 Wnb). Nu het college van mening was dat de uitzonderingsgrond op artikel 2.7 Wnb, gelegen in artikel 9.4, lid 8, Wnb, hier geldt, was deze vergunning niet nodig. Dit artikel bepaalt, kort gezegd, dat artikel 2.7 Wnb niet van toepassing is indien er een positief besluit (in dit geval de milieuvergunning) is genomen over een project of handeling (in dit geval de varkenshouderij), waarbij de habitattoets in acht is genomen. Deze toets wordt omschreven in artikel 6, tweede, derde en vierde lid van de Habitatrichtlijn.
Bij de rechtbank wordt het besluit van het college echter vernietigd. De rechtbank overweegt dat de habitattoets niet heeft plaatsgevonden bij het verlenen van de milieuvergunning. Hierom is artikel 9.4, lid 8, Wnb niet toepasbaar en is er op basis van artikel 2.7 Wnb een vergunning nodig.
In hoger beroep betogen het college en Zuiderzee dat de habitattoets bij de verlening van de milieuvergunning wel in acht is genomen. Verder is het hier interessant dat er gesteld wordt dat ook een niet correcte of volledige habitattoets de toepasbaarheid van artikel 9.4, achtste lid, van de Wnb niet uitsluit.
De Afdeling oordeelt dat zij geen aanknopingspunten in de milieuvergunning ziet om aan te kunnen nemen dat de habitattoets heeft plaatsgevonden. Hierom oordeelt de Afdeling dat de rechtbank terecht heeft geconcludeerd dat de milieuvergunning niet kan worden aangemerkt als een besluit in de zin van 9.4, achtste lid, van de Wnb. Nu er geen sprake is van een besluit in de zin van artikel 9.4, achtste lid, Wnb komt de Afdeling niet toe aan de vraag of een niet correcte of volledige habitattoets (een toetsing aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn) volstaat.
Alvast vooruitlopend op een mogelijk toekomstige uitspraak van de Afdeling waar deze vraag wel aanbod komt, vraag ik mij af hoe jullie hierover denken. Is een milieuvergunning waarvoor wel een habitattoets is uitgevoerd, maar waar deze toets niet correct is uitgevoerd of niet (volledig) voldoet aan artikel 6, tweede, derde en vierde lid, van de Habitatrichtlijn, voldoende om onder het achtste lid van artikel 9.4 van de Wnb te vallen? Het artikel lijkt namelijk alleen te bepalen dat artikel 6, tweede, derde en vierde lid van de Habitatrichtlijn in acht moet zijn genomen, niet in hoeverre de habitattoets precies moet voldoen aan hetgeen wat hier is beschreven.
