Wim de Vries is hoogleraar op het gebied van de milieusysteemanalyse. Zijn leerstoel is "Integrale stikstofeffectanalyse" maar het onderzoek is breder dan stikstof alleen. Zijn onderzoek richt zich met name op effecten van de toevoer van stikstof, fosfaat, zuur en zware metalen aan landbouwgronden en bosgronden op lucht-, bodem- en waterkwaliteit. Zijn specifieke expertise betreft het combineren van experimenten, meetgevens en bodemmodellen, die op verschillende schaalniveaus (regio's in Nederland, Europa, China, Wereld) worden ingezet om duurzaam land en bodemgebruik te bevorderen. Wim de Vries heeft ruim 500 artikelen, boekbijdragen en rapporten als auteur en coauteur geschreven, waarvan meer dan 185 artikelen in internationale tijdschriften.